Dans le même rapport qui pointe le vieillissement prématuré des F35B, pouvant réduire leur potentiel opérationnel à seulement 2100 heures de vol au lieu des 8000 attendu, les dysfonctionnements du système de maintenance automatique de l’appareil, dénommé ALIS, sont également largement révélés.
Ainsi, le système nécessiterait des délais de préparation de mission particulièrement long, incompatible avec les délais opérationnels. D’autre part, le système de maintenance prédictive et de commande des pièces détachées est défaillant, affichant par exemple parfois des délais de réassort de plusieurs années. Ces dysfonctionnements ont entrainé de nombreuses annulations ou report de missions, entravant, selon le rapport, les capacités opérationnelles de l’appareil.
Il apparaît, en outre, que les données traitées par l’ALIS manquent singulièrement de caractère générique, chaque équipementier formatant ses données vis-à-vis de ses propres besoins, et non pour une exploitation globale. Enfin, le rapport est critique quand aux procédures de tests utilisées par le constructeur, estimant qu’elles sont éloignées des usages réels sur les bases militaires et dans les ateliers.